MowJoe:一种自动高通量叶片表型分析方法

作者:谷丰光电 来源: 时间:2018-04-10 09:48:11 浏览次数:

MowJoe是一种半自动化、定量高通量形状分析切割叶图像的工具。它为检测定量形态变异的遗传基础提供了统计能力。

MowJoe:一种自动高通量叶片表型分析方法

叶片分割

叶形图像的准确和自动的表型分析是叶形高通量研究的必要条件,如全基因组关联分析和其他形式的数量性状位点映射。分离的叶片(也称为化合物)被细分为单个单元,是研究形态多样化的一个有吸引力的系统。然而,只有很少的软件工具可以进行自动分析。 因此,需要高通量的图像处理算法,将这些叶子分配到它们的表型相关单元中,并基于这些单元计算形态学特征。

MowJoe:一种自动高通量叶片表型分析方法

不同统计数据的比较

MowJoe:一种自动高通量叶片表型分析方法

地标生成和形态分析

作者利用MowJoe,一种图像处理算法,将解剖的叶片分解成小叶,小叶柄,叶轴和叶柄。使用图像骨架化将叶子转换成图形,然后在图形结构上应用算法。叶的这种划分可以推导出形态特征,如叶的大小或叶的偏心率。此外,MowJoe自动将地标放置在终端叶片上,可以用于进一步的叶片形状分析。它生成可以直接导入到下游形状分析工具的特定输出文件。我们将该算法应用于碎米荠(Cardamine hirsuta)的两项研究,并证明了我们的特征能够在这两种情况下进行有力的区分。

MowJoe:一种自动高通量叶片表型分析方法

叶片组合特征比较

MowJoe是一种半自动化、定量高通量形状分析切割叶图像的工具。它为检测定量形态变异的遗传基础提供了统计能力。

来源:Plant Methods 2018.MowJoe: a method for automated-high throughput dissected leaf phenotyping.Henrik Failmezger, Janne Lempe, Nasim Khadem, Maria Cartolano, Miltos Tsiantis and Achim Tresch.