EZ-Root-VIS:用于根系结构快速分析和可视化重建的软件

作者:谷丰光电 来源: 时间:2018-09-03 17:18:02

本文作者开发了Root-VIS,一款免费的软件工具,可以在用户选择的根映像集中帮助确定许多RSA特性的均值和方差。此外,Root-VIS提供了几种选项,可以根据平均数据生成根系统的可视化重建,从而实现筛选和建模。

如果我们想要了解环境如何塑造生物的外观和行为,我们需要比较不同基因组成和环境经验的个体群体。对于复杂的表型特征,如人体的姿势或面部表情,比较并不简单,因为一些影响因素无法轻易地在个体间量化或平均。因此, 用计算方法来重建具有代表性的原型, 使用一系列的算法来填补缺失信息和计算手段。同样的问题也适用于植物的根系统体系结构 (RSA)。一些计算机程序可用于从根图像中提取数值数据, 但通常不提供自定义的数据分析或 RSA 的可视化重建。

EZ-Root-VIS:用于根系结构快速分析和可视化重建的软件

EZ-Root-VIS综述

本文作者开发了Root-VIS,一款免费的软件工具,可以在用户选择的根映像集中帮助确定许多RSA特性的均值和方差。此外,Root-VIS提供了几种选项,可以根据平均数据生成根系统的可视化重建,从而实现筛选和建模。作者通过对拟南芥(Arabidopsis thaliana)的全基因组关联研究证实了Root-VIS与新版EZ-Rhizo的适用性,可用于快速表征基因型-环境相互作用和基因发现。

EZ-Root-VIS:用于根系结构快速分析和可视化重建的软件

拟南芥在不同营养条件下的RSA性状

EZ-Root-VIS:用于根系结构快速分析和可视化重建的软件

全基因组关联研究的根系结构特征

来源:Plant Physiology.EZ-Root-VIS: A Software Pipeline for the Rapid Analysis and Visual Reconstruction of Root System Architecture.Zaigham Shahzad, Fabian Kellermeier, Emily M. Armstrong, Simon Rogers, Guillaume Lobet, Anna Amtmann, Adrian Hills.