2018国际植物表型网络(IPPN)年度报告

作者:谷丰光电 来源: 时间:2018-09-30 15:57:14

国际植物表型网络(IPPN)近期发布的2018年度报告,现对其进行翻译整理与广大植物表型专家学者分享。

国际植物表型网络(International Plant Phenotyping Network,IPPN)近期发布的2018年度报告,现对其进行翻译整理与广大植物表型专家学者分享。


摘要

IPPN旨在促进全球范围内重要植物表型中心之间的讨论交流,并与来自学术界和工业界的表型科学家,用户和技术开发人员进行讨论。自上次会员大会以后主要活动包括:

1、组织第五届国际植物表型研讨会(5th International Plant Phenotyping Symposium,5th IPPS),将在澳大利亚阿德莱德举办。 IPPN近年来组织了一系列国际植物表型研讨会(Canberra 2009,Jülich2011,Chennai 2014,CIMMYT 2016)。 2016年在CIMMYT组织的第四届IPPS是IPPN作为非营利性协会正式成立之后的第一次(2015年12月)。即将在阿德莱德举办的第五届IPPS是第一个欢迎工业界成员加入的IPPN研讨会。
2、扩大会员规模。自此,IPPN e.V.已经成为整合植物表型活动的重要核心,从2015年11月成立以来,机构成员从17个增加到30个。
3、2018年8月,IPPN新的包含工业界会员的行业法规得到了法律机构的正式承认。IPPN现在能扩大其成员基础,吸收来自工业界的重要合作伙伴,这将更积极的促进植物表型圈内的工业界和学术界的交流合作。
4、建立和运行专题工作组。IPPN成员建立了基本的工作组主题。目前有五个工作组正在开展相关科研与业务活动,另有两个正在筹备中。
5、扩展传播活动。IPPN网站正在成为植物表型群落的重要信息平台,例如,拥有表型设施的数据库现在涵盖了超过70个全球表型设备。 为了进一步传播和促进植物表型活动,IPPN现在有一个Twitter账号和一个YouTube频道,可以观看会议报告视频
6、扩展IPPN会员。目前,IPPN正致力于扩大其会员资格,并修改现行法规,下一步能够促进工业界代表进入表型行业学术圈交流。

 

Ⅰ. 2018 IPPN主要活动

1.1国际植物表型研讨会(IPPS)和表型会议


1.1.1基于第五届IPPS的特刊

与第五届IPPS相关的植物表型论文特刊将在《Frontiers of Plant Sciences》上发表。


1.1.2  阿德莱德研讨会

IPPN在阿德莱德大学和澳大利亚国家植物表型设施(APPF)的同事们与IPPN办公室合作,将于2018年10月组织第五届IPPS。IPPN办公室向阿德莱德的所有人表示感谢,他们使研讨会成为可能。


1.1.3“IPPN纪念树”

IPPN将在每届IPPS会议举办地种植一颗纪念树,并建立一个网站来展示这些纪念树的生长过程图。第一课纪念树已经种植在尤利希。图片会自动记录下来并展示在网站上(https://www.plant-phenotyping.org/tree),其他地区的种植正在进行中。


1.2会员

1.2.1新成员

新的IPPN章程已经获得法律机构的批准,IPPN欢迎来自学术界和工业界的新成员候选人:

1、学术界:Arvalis,Scion Research
2、工业界:PhenoTrait,KeyGene,KWS,Biogemma,Seasol International PTY LTD

下一步:已邀请来自工业界的其他成员加入IPPN,我们期望很快收到进一步的申请。下一步将是在IPPN内建立工业届部门(Industry Section),并在所有合作伙伴之间建立强有力的互动。

明年的另一个目标是增加尚未拥有的IPPN成员国家的会员数量,特别是来自发展中国家的会员。2016年墨西哥大会会议已经批准,发展中国家的会员减少到500欧元。


1.3支持工作组

工作组(Working Groups)制定年度计划,并可在理事会批准后组织提议的所有活动。IPPN办公室会为工作无组织的部分会议提供行政支持,包括向邮件列表发送通知、跟踪活动以及请求业务计划和预算等。


1.4对青年研究人员提供旅行补助

IPPN理事会决定支持青年研究人员(earlycareer scientists)获得旅行补助金,以参加阿德莱德的第五届IPPS。共收到了11份申请,理事会成员从中选择了5位研究人员获得2000欧元的旅行补助金,他们是

1、Pearl Abu, West Africa Centre for Crop Improvement, University ofGhana
2、Clayton Carley, Iowa State University
3、Dr. Carson M. Andorf, United States Department of Agriculture-AgriculturalResearch Service
4、Nathália Penna Cruzato, Texas A&M University
5、Dorien Vanhees, University of Nottingham


根系工作组对其资金进行了充分利用,也选择支持青年研究人员,为2018年7月在以色列举行的第10届国际根系研究大会提供了旅行补助金,他们是:

1、Olivia Cousins, University of Adelaide and University of Nottingham
2、Dr. Benjamin Delory, Leuphana University
3、Emily Marr, Christ’s College, Cambridge
4、Dr. Oluwaseyi Shorinola, John Innes Center
5、Xinyu Wang, Key Laboratory of Vegetation Ecology, Northeast NormalUniversity


成像工作组组织了IPPN支持的CVPPPworkshop,并提供了资助给:

1、最佳墙报奖: Low-cost image annotation for supervised machine learning.Application to the detection of weeds in dense culture. Salma Samiei, AliAhmad, Pejman Rasti, Etienne Belin, David Rousseau
2、最佳报告奖:Leaf counting: Multiple scale regression and detection using deepCNNs. Yotam Itzhaky, Guy Farjon, Faina Khoroshevsky, Alon Shpigler, AharonBar-Hillel


下一步:IPPN计划让更多的青年研究人员参与到IPPN组织的workshop中。


1.5交流

1.5.1网站更新

IPPN网站不断扩展:

1、建立了IPPN网站上的活动和新闻页面。 鼓励所有IPPN成员向IPPN办公室发送新闻和事件,并与整个社区分享;
2、通过IPPN邮件列表发送了一些工作机会;
3、平台数据库包括来自全球各地的70多个表型装置的描述; 正在重新配置数据库的功能,以便成员可以编辑自己的平台列表;
4、增加了内联网,添加了IPPN内部文件;
5、提供会议注册和摘要管理工具,以支持组织工作组活动和未来IPPS活动的会议;
6、专家数据库即将完成,以使IPPN成员能够描述他们的活动和简介。

 

1.5.2社交媒体和互联网

为了帮助向更广泛的受众传播IPPN的信息并分享IPPN会员的活动,我们建立了一个Twitter帐户。

为了分享IPPN活动中的学术报告,IPPN建立了YouTube频道。 您可以在频道上找到研讨会和学术会议的报告视频。

Twitter:https://twitter.com/I_P_P_N

YouTube:https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ


1.6IPPN的管理

IPPN的日常财务任务通过DATEV系统进行管理,以实现专用和安全的会计工作。它连接到IPPN银行账户,可以跟踪账单和发票以及会员费。该系统也可由IPPN保留的法律和会计公司远程访问。这家公司NS+P(位于德国亚琛)也管理了有关新的包含工业界会员法规的法律问题。

在春季和夏季举行了专门的理事会会议,以协调IPPN办公室与理事会的活动,并讨论阿德莱德研讨会的规划。


Ⅱ. 2019年IPPN办公室活动计划

IPPN办公室估计,在2019年最多可有15名新成员登记。这些新成员中的大多数来自工业界,还有一些来自学术界和发展中国家。

2019年IPPN办公室拟定目标:

1、继续支持既定工作组并加强最近启动的工作组;将新成员纳入工作组的活动。
2、建立新的工作组:我们希望启动新的工作组,现有的工作组将促进其活动,以便在2019年底之前开展大约8到10个专门的工作组活动,并得到IPPN管理办公室的支持。
3、开展培训活动——理想的实践操作。IPPN将与工作组密切互动,专门促进培训活动的发展。这些活动应针对引入和招募更多年轻研究人员进行植物表型分析,确定培训需求,并发现如何满足不断增长的需求。
4、继续支持青年研究人员。与去年一样,IPPN将进一步为青年研究人员提供旅行补助金,使他们能够在IPPN活动中展示他们的工作。
5、鼓励与工业界的联系。为了利用工业界会员的优势,IPPN还将投入各种活动,探索专门用于鼓励和支持工业界-学术界互动的研讨会的机会。
6、改善新兴国家的成员资格。来自发展中国家的成员数量很少,IPPN希望开展吸引包括发展中国家成员的活动,以扩大植物表型合作伙伴关系。
7、加强与植物表型相关的国家、区域和国际计划的互动,以及与小麦倡议(Wheat Initiative)等相关作物计划的互动。
8、进一步促进交流。 IPPN将促进网站之外的沟通,收集相关信息并与社区共享。

 

IPPN办公室的发展

如果工业界会员数量显着增加,则有机会进一步加强IPPN办公室的工作模式。重要的一步是雇用一名具有科学背景的全职人员以支持理事会的工作,推动新的发展,促进工作组的活动,以及由于成员的增加和互动而处理增加的行政任务,评估和建立培训活动,制定包括发展中国家的成员的发展战略。这将由理事会根据收入和预算来进行评估。


Ⅲ. 工作组

3.1低成本表型技术研究小组

目标:本工作组侧重于低成本和便捷的表型技术,以加强传播现代表型的概念和方法。应该解决更广泛的植物科学和繁殖群体直接获取和使用现代表型装置和概念的需求,以满足表型技术多样化需求。


2018年活动

1、在阿德雷德会议上组织一个卫星会议http://www.ipps2018.com.au/agenda


2019年计划

1、在墨西哥第4届IPPS会议特刊(ReynoldsD et al, 2018, Journal of Plant Science)之外,计划于2019年撰写一篇论文介绍低成本方法的新兴需求和示例应用。这仍然是明年工作组的主要工作内容。


3.2表型影像工作组

目标:工作小组的目的是通过为开发者和用户提供一个讨论新出现的挑战、方法、技术和应用的论坛,来推进基于图像的植物表型的方法研究。通过设立这个工作组,国际社会将有一个在项目之外进行互动的平台,这通常只持续几年。


2018年活动

1、成像工作组组织了一系列涵盖相关主题的在线网络研讨会。这些网络研讨会增加了网络和信息共享。会员可以观看国际专家的现场报告,提出问题,并通过音频和文字聊天工具讨论问题。2018年,成像工作组组织了三次网络研讨会:

-2018年6月:Deep Learning Approaches for Image Segmentation and Object Countingin Plant Phenotyping by Ian Stavness

-2018年4月:The de.NBI/ELIXIR Service "PGP" for Phenomics DataPublication by Daniel Arend

-2018年2月:Quantifying Variation of Crop Resilience Under Temperature Stress byMalia Gehan

2、成像工作组计划在未来开展更多网络研讨会,涵盖相关主题,旨在发挥指导作用,增加网络和信息共享。
3、工作组在BMVC举办了IPPN支持的研讨会,共有7个口头报告,17个海报和主题演讲(“Image-based structural plantphenomics, and why we’re asking the wrong questions”,Antonvan den Hengel)。相关论文在https://www.plant-phenotyping.org/CVPPP2018-programme
4、成像工作组将在第5届IPPS上组织一个分会场


2019年计划

1、将组织更多的网络研讨会


3.3根系表型工作组

目的:IPPN内的根系表型工作组旨在成为一个论坛,以确定根系表型研究的科学和技术边界,推进根系表型分析,加快应对全球农业和环境挑战的使用。


2018年活动

为了支持青年研究人员,根系工作组再次向参加在美国密苏里州举行的IPG根生物学会议的三位获奖者提供旅行补助金。他们是

1、Dr. Shirley Nichols fromAgResearch in New Zealand,
2、Dr. Mina Rostamza from the University of Purdue, a
3、Ms. Hannah Schneider from PennState University (with FZJ)

这三位获奖者均在密苏里会议上展示了墙报。

同时,根系工作组正式邀请Noble研究所的Larry York加入根系工作组委员会。


2019年计划

1、在第5届IPPS会议上,根系工作组和APPF一起将组织实地考察。
2、根系表型研讨会:美国俄克拉荷马州阿德莫尔的Noble研究所提出在2019年3月至6月期间举办一个研讨会。研讨会将包括学术报告和现场实践。基本的根系表型分析包括“bluepaper”法,根盒,根冠表型,土柱取样,洗涤,扫描等。我们将尝试解决跨实验室扩展的方法,从affordable到昂贵。尝试从头到尾亲自动手。包括一些图像分析和统计分析。
3、白皮书:工作组正在编写一份白皮书‘How to get FAIR principles of data management into practice?’,并与资助机构、全球研究组织(如CGIAR)和其他利益相关方进行沟通。


3.4种子表型工作组(SPWG)

目的种子表型工作组的主要目标包括

1)为IPPN会议提供建设性的意见,并阐述利用新技术发展种子库和创新农业的好处;

2)在表型数据方面促进种子库的数据共享和交换,互用性,数据使用,数据分析和最佳实践;

3)通过合作、倡导、研究、开发和实施多学科的资源和机会,建立一个植物表型支柱模型。


2018年活动

1、种子表型工作组在第5届IPPS上组织一个分会场(包括旅行补助金)
2、已与国际种子测试协会(ISTA)建立联系,以确定对种子表型感兴趣的合作。举行了两次电话会议和一次与ISTA总干事的f2f会议。
3、正在进行与DivSEEK种子表型工作组的讨论和互动
4、11月,计划与全球作物多样性信托基金会面交流。

2019年计划

1、继续发展战略联盟和伙伴关系,以促进种子表型分析,并通过联合研究和学术出版实现技术进步的更大影响。
2、将安排工作组会议——最有可能是在战略伙伴关系的背景下


3.5国际受控环境植物表型组(ICEPPG)

目的:ICEPPG专注于评估在明确的实验条件下模拟各种现在和未来气候情景的植物性能特征,旨在将扩学科的研究人员(植物遗传学家,(生态)生理学家,发育生物学家,农学家,气候研究人员,土壤科学家,生物信息学家和生物学家以及传感器技术开发人员)聚集在一起在受控环境中运行能够模拟不同环境的表型设施(平台),共同建模植物发育和生理过程和气候变化的关系。


2018年活动

1、将在第5届IPPS会议上组织一个卫星会议


2019年计划

1、待定


3.6 IPPN数据管理工作组(IDaM)

目的:进行中

活动:进行中

 

3.7 植物表型技术工作组

目的:进行中

活动:进行中

2018年计划:在第5届IPPS上启动工作组,并设定工作组目标。