EasyDCP:一种经济、高通量的3D植物表型性状测量工具

来源: 时间:2021-07-22 16:47:32 浏览次数:

介绍了EasyDCP,这是一种使用数码相机从集装箱植物图像中提取3D植物表型特征的软件工具,已经证明了EasyDCP是一种可行的低成本工具,可用于对植物种群进行表型分析,测量性状的精度与商用激光扫描仪相当或略高。

高通量 3D 表型分析是一个迅速崛起的领域,在植物个体测量中有着广泛的应用。尽管如此,由于资金和后勤的限制,高通量植物表型分析很少用于生态学研究。


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EasyDCP的整体工作流程。(a)必须对每组植物进行成像,并且必须为EasyDCP准备图像和配置文件。(b) EasyDCP_Creation对所有图像集执行顺序处理,为每组植物创建一个3D点云。(c) EasyDCP_Analysis对每个三维点云进行分类、分割和计算,以测量植物性状,包括株高和投影叶面积。


作者介绍了EasyDCP,这是一种使用数码相机从集装箱植物图像中提取3D植物表型特征的软件工具,已经证明了EasyDCP是一种可行的低成本工具,可用于对植物种群进行表型分析,测量性状的精度与商用激光扫描仪相当或略高。计算机硬件和商用三维重建软件是财务成本,但与其他三维植物测量工具和高通量表型分析解决方案相比,总成本是可以承受的。与其他基于3d的方法相比,EasyDCP具有更易于使用和更少手动步骤的优点,能够以最少的训练实现高通量操作。


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(a)使用EasyDCP和PlantEye激光扫描仪测量的标尺长度和实际长度之间的差异。(b)相对于地面真实情况,计算y轴上绘制的植物高度和投影叶面积。黑线代表与地面真实情况的1比1测量


作者比较了EasyDCP与高端商用激光扫描仪在获取株高和投影叶面积方面的性能。这两种工具都与地面真实测量有很强的相关性,使用EasyDCP进行的株高测量更准确(株高:EasyDCP r2=0.96,激光r2=0.86;投影叶面积:EasyDCP r2=0.96,激光r2=0.96。EasyDCP是一种高通量、低劳动力和经济成本的容器植物表型性状测量开源软件工具。

来源:Wiley Online Library.EasyDCP: An affordable, high-throughput tool to measure plant phenotypic traits in 3D

Alexander Feldman, Haozhou Wang, Yuya Fukano, Yoichiro Kato, Seishi Ninomiya, Wei Guo

https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041-210X.13645