027-87860098

华中农业大学“青年长江”团队 : 突破根系成像瓶颈,修复率翻倍提升

2025/9/22

分享华中农业大学“青年长江”团队硕士生第一作者在顶级期刊《Artificial Intelligence in Agriculture》(IF=12.7)发表的一篇题为《EU-GAN: A root inpainting network for improving 2D soil-cultivated root phenotyping》的研究论文。团队已毕业硕士生谢尚源和已毕业博士生施家伟为论文共同第一作者,杨万能教授和广西大学李保奇副教授为共同通讯作者。

根盒法因其成本低、非破坏性等优点,成为获取土培条件下高通量根系表型数据的常用手段,广受研究者青睐。然而,由于部分根系深藏于土壤中无法被完整采集,导致所获表型数据存在偏差,影响根系形态参数计算的准确性。同时,根系修复任务的标注与根系分割一样,面临标注困难、成本高的挑战。现有修复方法多依赖算法生成的虚拟根系图像(包括人工构造的根系结构和模拟的缺失区域),并通过局部裁剪方式进行训练,难以有效应对长距离缺失或根系边缘区域的修复问题,泛化能力有限。

针对上述问题,研究团队构建了一个完全开源的混合根系修复数据集(Hybrid Root Inpainting Dataset, HRID)。该数据集在大量真实土培根系图像标注的基础上,创新性地结合水培根盒获取的完整根系图像与算法模拟的缺失模式,生成兼具真实性和多样性的修复样本。HRID共包含8922张根系图像,其中土培根系1206张,水培根系7716张。基于此数据集,团队进一步提出了一种基于生成对抗网络(GAN)的EU-GAN模型。通过在生成器中引入边缘注意力模块(Edge Attention Module, EAM)、优化损失函数设计并结合后处理策略,显著提升了根系修复效果。实验表明,该方法将棉花根系的修复率从17.35%提高至35.75%,关键表型参数(如根长、分枝数等)提取误差降低了48.64%至88.28%,显著提升了根系表型分析的精度与可靠性。

图1 技术路线图


图2 EU-GAN网络结构图


图3 EU-GAN修复效果比较


图4 EU-GAN在不同种类作物根系图像上的泛化性测试



文章来源:Ad植物微生物公众号

原文链接:华中农业大学“青年长江”团队硕士生第一作者在顶级期刊(IF=12.7)发表研究成果,突破根系成像瓶颈,修复率翻倍提升